Некоторые формы также продуцируют микотоксины, которые могут представлять серьезную угрозу для здоровья людей и животных. В некоторых исследованиях утверждается, что воздействие высокого уровня микотоксинов может привести к неврологическим проблемам, а в некоторых случаях и к смерти. Часто опасное воздействие, например ежедневное воздействие на дом, может быть особенно опасным. Исследование влияния плесени на здоровье не было убедительным. Термин «токсичная плесень» относится к плесени, которые производят микотоксины, такие как Stachybotrys chartarum, а не ко всем формам в целом.
Плесень в доме обычно можно найти в сырых, темных или парных областях, например, в ванной или кухне, в местах с загромождением, недавно затопленных районах, подвальных помещениях, водопроводах, районах с плохой вентиляцией и на открытом воздухе во влажных условиях. Симптомы, вызванные аллергией на плесень: водянистые, зудящие глаза; хронический кашель; головные боли или мигрень; затрудненное дыхание; высыпания; усталость; проблемы с синусом; заложенность носа и частое чихание.
Формы также могут представлять опасность для здоровья человека и животных, когда они потребляются после роста определенных видов плесени в хранящихся пищевых продуктах. Некоторые виды производят токсичные вторичные метаболиты, которые в совокупности называют микотоксинами, включая афлатоксины, охратоксины, фумонизины, трихотецены, цитринины и патулин. Эти токсические свойства могут использоваться в интересах человека, когда токсичность направлена против других организмов; например, пенициллин отрицательно влияет на рост грамположительных бактерий (например, видов Clostridium), некоторых спирохет и некоторых грибов